Trotz dieser Einschränkungen arbeitete Emil Nolde auch fortan weiterhin als freier Künstler und seine Autobiografie verkaufte sich ebenfalls durchweg gut. Nach eigener Aussage verzeichnete Nolde im Jahre 1941 mit 80.000 Reichsmark sein höchstes Jahreseinkommen, das somit höher lag als das Gehalt vieler Bürgermeister zu dieser Zeit. Zudem verdienten nur 0,7 Prozent aller Künstler zu dieser Zeit mehr als 1.000 Reichsmark im Monat, womit Emil Nolde zu dieser Zeit einer der bestverdienenden Künstler war.
Daraufhin schloss die Reichskammer der bildenden Künste Nolde aus und erteilte diesem das Verbot, seine Werke zu verkaufen, auszustellen und zu reproduzieren.
Jedoch trat Nolde nie aus der NSDAP aus und auch sein Verhalten während des dritten Reiches bereute er scheinbar nie.
Nachdem Noldes Frau 1946 verstorben war, heiratete er zwei Jahre darauf Jolanthe Ermann, die Tochter des Komponisten und Pianisten Eduard Erdmann, und malte bis ins Jahr 1951 noch über 100 Gemälde und Aquarellen. Jedoch war er zu dieser Zeit bereits an Parkinson erkrankt und verstarb schließlich am 13. April 1954 in Seebüll. Dort fand er seine letzte Ruhe in der Gruft seines Gartens, in welcher der Künstler neben seiner ersten Ehefrau Ada liegt.